Da Justin favnede kristendommen, holdt han samtidig fast i dele af sin tidligere hedenske filosofi.
- Han tolkede Skriften allegorisk (symbolsk) og mystisk.
- Han hjalp med til at udvikle ideen om en "midlertidig tilstand" efter døden, som hverken var himmel eller helvede. Denne doktrin dannede opstarten til Roms falske lære om skærsilden.
- Justin Martyr lærte, at Guds pagt med jøderne blev erstattet af hans pagt med kirkerne - hvor de kristne nu blev det ny Israel, fordi jøderne havde forhærdet deres hjerter (Lee Martin McDonald, Anti-Semitism and Early Christianity, Fortress, 1993).
