Han blev fængslet af protestanterne i Zürich i januar 1526, hvor han sad fængslet i fire måneder. Hans appel til sin gamle ven, Zwingli blev ignoreret. Hans kone var også i fængsel, og hans helbred var nedbrudt. Han havde netop kommet sig over en sygdom, som han kun med nød og næppe havde overlevet. I denne triste og modløse tilstand blev han, af de protestantiske myndigheder, tortureret på pinebænken; og den 6. april 1526 indvilligede den nedbrudte mand i at afsværge sig sin tro.
Hele befolkningen i Zürich blev indkaldt til domkirken for at overhøre afsværgelsen fra denne velkendte døberprædikant. Zwingli holdt først en prædiken imod kætterne. Derefter rettedes alle øjne imod Hübmaier, der gik frem for at læse sin afsværgelse højt. Han indledte sin tale med en svag og skælvende stemme, hvorefter han brast i gråd. Mens han under store kvaler kæmpede en indre kamp, blev han pludselig styrket af Herren, og han råbte, "Barnedåb er ikke fra Gud - MENNESKER SKAL DØBES VED TRO PÅ KRISTUS!"
Et øredøvende spektakel brød løs! Nogle vendte sig imod ham og skreg i vrede, mens andre jublede og gav ham deres bifald. Myndighederne i Zürich førte ham hurtigt tilbage til fangehullet. Mens han sad der, skrev han disse velsignede ord, som en bøn til Gud:
”O, du evige Gud, dette er, hvad jeg tror. Jeg må bekende det med mit hjerte og min mund, at jeg vil bevare mig lige indtil enden, og skulle jeg blive tvunget væk fra min overbevisning pga. dødsangst eller frygtsomhed, af tyranni, tortur, sværdet, brand eller vand, så appellerer jeg nu til dig: ”O, min medfølende far, rejs mig op igen, ved din nåde og ved din hellige Ånd, og skal jeg lide døden, da lad mig ikke afvige fra denne tro. Fra dybet af mit hjerte beder jeg, gennem Jesus Kristus, din højt elskede søn, vor Herre og Frelser. Fader, jeg sætter al min lid til dig, lad mig aldrig skamme mig over dig”.
Denne bøn blev besvaret, fordi Hübmaier levede for Herren og var trofast indtil døden. Herefter fik han tilladelse til at forlade Zürich, hvor han flyttede til Mähren, og fik en frugtbar tjeneste, med en stor indhøstning af sjæle, som blev bragt til Herren.
I 1527 vendte han tilbage til Waldshut, hvor han og hans kone blev arresteret af de østrigske myndigheder og ført til Wien. Han sad i fængsel indtil marts 1528. Han blev tortureret og dømt for kætteri. Den 10. marts 1528 blev han brændt på bålet i Wien, og han døde trofast i den tro, som han prædikede. Ikke mange dage senere blev hans kristne og trofaste hustru druknet i Donau med en sten om halsen.
Iflg. Dean Stephanus Sprügel fra Wiens Universitet havde Hübmaier på bålet råbt: ”O nådige Gud, i denne min store pine, tilgiv mine synder. O Fader, jeg takker dig, at du i dag vil tage mig ud af denne jammerdal. Jeg ønsker at dø i jubel og komme til dig. O Lam, O Lam, borttag verdens synder. O Gud, i dine hænder betror jeg min ånd. "
Atter engang råbte han - denne gang dog på latin: "Herre, i dine hænder betror jeg min ånd." Han råbte også disse ord til tilskuerne: "O kære brødre og søstre, hvis jeg har såret nogen i ord eller gerning, kan I så tilgive mig af hensyn til min nådige Gud? Jeg tilgiver alle dem, der har skadet mig". Inden røgen overmandede ham, blev Hübmaiers sidste ord: "O Jesus, Jesus!"
(Bryan Catherman, “Balthasar Hübmaier: Forgotten Reformer,” Church History section of Salty Believer, 2012.)http://www.saltybeliever.com/2011/03/balthasar-hubmaier-forgotten-reformer.html